Початок заснування Музею Національного університету «Києво-Могилянська академія» пов’язаний зі створенням науково-інформаційного і культурологічного комплексу «Бібліотека-Музей-Архів НаУКМА». Мета цієї ініціативи полягала у збереженні та популяризації пам’яток української історії і культури, пов’язаних з історією Києво-Могилянської академії через об’єднання книжкових, архівних, музейних і документальних колекцій Університету в одному історико-архітектурному просторі Братського монастиря XVII-XIX ст.: Староакадемічний корпус – Бібліотека Антоновичів – Поварня – Трапезна з Святодухівською церквою.

З листопада 2006 р. на підставі рішення Вченої Ради НаУКМА Музей функціонує під назвою Центр «Музей української звитяги» як науково-дослідний, науково-інформаційний та культурно-освітній структурний підрозділ Університету.